ตอร์เรส เขาเกิดที่เมือง ฟูเอนลาบราดา ซึ่งเป็นเมืองชนบทที่มีขนาดเล็กซึ่งตั้งอยู่ทางใต้ของกรุงมาดริด ในช่วงแรก ตอร์เรส เป็นเด็กฝึกหัดในสังกัดของ อัตเลติโกเดมาดริด ในประเทศสเปนมาก่อน และจากความสามารถของเขาทำให้เขาได้ก้าวขึ้นมาสู่ทีมชุดใหญ่ และยังรับบทบาทการเป็นกัปตันของทีมอีกด้วย ซึ่งขณะนั้น ตอร์เรส มีอายุเพียง 19 ปี แฟนบอลชาวสเปนได้ตั้งฉายาให้เขาว่า “เอลนีโญ” ซึ่งแปลว่าเด็ก เพราะหน้าตาของดูยังเด็กมากๆ เมื่อเทียบกับอายุแล้ว

ตอร์เรส มีตำแหน่งเป็นศูนย์หน้าที่มากความสามารถ และมีพรสวรรค์ในการเล่นเป็นอย่างดี เขายังเคยทำประตูถึง 75 ประตูเพียงแค่ 5 ฤดูกาล ในลีกสูงสุดของสเปน ก็จะมีเพียง ซามูเอล เอโต และ ดาบิด บียา เท่านั้นที่สามารถทำประตูได้มากกว่าในระยะเวลาเดียวกัน

อัตเลติโกเดมาดริด

ตอร์เรส เริ่มต้นเป็นนักเตะของ อัตเลติโกเดมาดริด มาตั้งแต่ปี ค.ศ. 2001 ซึ่งขณะนั้นเขายังเป็นนักฟุตบอลฝึกหัด และส่อแววว่าจะมีโอกาสที่จะเป็นนักฟุตบอลที่สร้างชื่อเสียงให้กับทีมได้ จนกระทั่งเจ้าตัวสามารถก้าวขึ้นสู่นักเตะชุดใหญ่ของสโมสรในช่วงอายุเพียง 17 ปีเท่านั้น และเมื่ออายุเพียง 19 ปีก็ต้องรับหน้าที่กัปตันทีมไป โดยลงสนามในนาม อัตเลติโกเดมาดริด ไปทั้งหมด 244 นัด ยิงประตูได้ 91 ประตู

ลิเวอร์พูล

ครั้งนั้นจากการที่เจ้าตัวย้ายรังมาอยู่กับ ลิเวอร์พูล ด้วยค่าตัวที่เขาได้รับได้มีการบันทึกไว้ว่าเป็นสถิติสูงสุดของ ลิเวอร์พูล  ถึงแม้ว่าสื่ออังกฤษหลายสำนักได้มีการรายงานว่า ค่าตัวเขาอยู่ที่ประมาณ 26.5 ล้านปอนด์ ราฟาเอล เบนีเตซ ได้ออกมายืนยันอีกเสียง ในการสัมภาษณ์กับสื่อสเปนว่า ค่าตัวของเขาอยู่ที่ 20 ล้านปอนด์ ยังมีการเปิดเผยอีกว่า ตอร์เรส ยอมที่จะลดค่าเหนื่อยลงไปสำหรับการย้ายตัว หนังสือพิมพ์ The Times ได้มีการรายงานว่า ค่าตัวได้ลดลงมาจาก 103,000 ปอนด์ต่อสัปดาห์ เหลือเพียง 91,000 ปอนด์

ต่อมาในวันที่ 11 สิงหาคม พ.ศ. 2550 ตอร์เรส ได้รับโอกาสในการแข่งนัดเปิดตัวให้ ลิเวอร์พูล ครั้งนั้นเป็นการเจอกับ แอสตันวิลลา และเป็นฝ่ายชนะไปได้ด้วยสกอร์ 2-1 หลังจากนั้น ตอร์เรส ก็ยังสามารถยิงประตูแรกในศึกพรีเมียร์ลีกได้สำเร็จ จากการลงสนามครั้งแรกในสนาม แอนฟีลด์ ในวันที่ 19 สิงหาคม ผลขณะนั้น 1-1 กับสโมสร เชลซี โดยเจ้าตัววิ่งไปรับบอลจากการส่งของ สตีเฟน เจอร์ราร์ด ตอร์เรส ได้เลี้ยงบอลผ่านปราการหลังของ เชลซี ทาล เบน ฮาอิม และซักเต็มข้อผ่านมือนายทวาร ปีเตอร์ เช็ค เข้าไปตุงตาข่ายไป

เชลซี

ตอร์เรส มีโอกาสทำประตู 2 ประตู ในเกมที่ต้องเจอกับสโมสรฟุตบอล เลสเตอร์ซิตี ของศึกชิงถ้วย เอฟเอคัพ รอบ 5 เมื่อวันที่ 18 มีนาคม ค.ศ. 2012

เฟร์นันโด ตอร์เรส ได้ตัดสินใจย้ายมาสโมสร เชลซี เมื่อ วันที่ 31 มกราคม ในปี พ.ศ. 2554 ด้วยค่าตัว 50 ล้านปอนด์ (ราว 2,458 ล้านบาท) ซึ่งถือว่าสูงที่สุดในอังกฤษ คือ  ในการลงสนามแรกของ ตอร์เรส นั้น เป็นการลงสนามเจอกับทีมเก่าของเขาคือ ลิเวอร์พูล ที่สนาม สแตมฟอร์ดบริดจ์ ผลการแข่งขันในครั้งนั้นเป็นฝั่ง เชลซี ที่ต้องแพ้ ลิเวอร์พูล ด้วยสกอร์ 0-1 ในช่วงการแข่งขัน ตอร์เรส โดนเพื่อนร่วมทีมเก่าของเขาทำฟาวล์จนบาดเจ็บเล่นต่อไม่ไหว จึงถูกเปลี่ยนตัวออกแล้วส่งผู้เล่นสำรอง ซาลอมง กาลู ลงมาทำหน้าที่แทนในนาทีที่ 66

ในเกม เชลซี บุกไปชนะ เวสต์แฮมยูไนเต็ด 3-0 ที่ สนามสแตมฟอร์ดบริดจ์ เจ้าตัวมีโอกาสทำประตูแรกของเขา ซึ่งในการแข่งขันครั้งนั้น เชลซี มีโอกาสขึ้นนำไปก่อน 1-0 หลังจากนั้น ตอร์เรส ได้ถูกเปลี่ยนตัวลงไปแทนดีดีเย ดรอกบา หลังจากลงสนามไปได้ไม่นาน เจ้าตัวก็ซัดประตูที่2ให้เซลซี ทำให้ เชลซี ทิ้งห่างออกไป 2-0 และเขาได้รับการยกย่องให้เป็นแมนออฟเดอะแมตช์ในเกมนั้น

เอซีมิลาน

ในช่วงของต้นฤดูกาล 2014-15 ตอร์เรส กลับถูกวิจารณ์อย่างหนักว่าฟอร์มการเล่นของเขาตกลงไป ประกอบกับการย้ายเข้ามา เชลซี ของดีเอโก คอสตา อดีตกองหน้าเพื่อนร่วมทีมจาก อัตเลติโกเดมาดริด ซึ่งเป็นอดีตทีมเก่าของ ตอร์เรส อีกด้วย ทำให้ ตอร์เรส ต้องถูกลดบทบาทลงไปนั่งตัวสำรอง ดังนั้นทางสโมสรจึงตัดสินให้สโมสรเอซีมิลาน ทีมในเซเรียอา ของอิตาลี ได้ยืมตัว ตอร์เรส ไปเป็นเวลา 2 ปีด้วยกัน